Iris Hut heeft in 1999 in opdracht van de Nederlandse Vereniging tot Bescherming van Dieren onderzoek gedaan naar de leefomstandigheden van de meervallen en palingen die in Nederland worden gekweekt. Het natuurlijke gedrag van de dieren diende als basis om de leefomstandigheden in de kweeksystemen mee te vergelijken.
De Nederlandse systemen kennen zowel voordelen als nadelen voor het welzijn van vissen. Van een aantal aspecten is het welzijnseffect onduidelijk.
Voor de Meerval geldt:
Het is gunstig dat de meervallen zoveel mogelijk in het donker worden gehouden (meervallen zijn nachtdieren). Gelukkig houdt men rekening met de verhouding tussen het aantal mannetjes en vrouwtjes. Als van beide seksen evenveel dieren aanwezig zijn is er zo min mogelijk last van agressie. Het zo uniform mogelijk houden van de dieren, waarbij dieren met dezelfde grootte in de bassins worden gehouden verlaagt tevens het kannibalisme.
Er zijn geen schuilmogelijkheden voor de dieren. Op momenten dat de kweker de verlichting aanknipt kunnen de dieren geen beschutting zoeken. De selecties die de vissen ondergaan zijn uiterst stressvol. Niet alleen de handeling op zich van het worden vastgehouden en in een nieuw bassin terecht komen met nieuwe soortgenoten is hierbij slecht voor hun welzijn. Vooraf aan elke selectie worden de dieren ook een halve dag niet gevoerd. Voor de slacht worden de dieren zelfs dagen lang niet gevoerd. In de natuur zoeken meervallen hun voedsel op de bodem, in de kweek bassins worden ze gevoerd aan het wateroppervlak. Nadelig is het kannibalisme wat veelal voorkomt in de meerval kwekerij.
Onduidelijk is of een groot aantal soortgenoten, dicht op de huid, voor een meerval onprettig is. In de natuur leven de dieren soms ook dicht op elkaar. Ze hebben dan wel minder onderlinge agressie dan wanneer er meer ruimte is. Echter, omdat er weinig ruimte is kunnen de meervallen elkaar ook niet ontwijken als er wel agressie is.

Voor de Paling geldt:
Gunstig voor de paling als soort is dat de overleving van de glasaal in palingkwekerijen groter is dan in de natuur. De lage lichtsterkte in de kweekhallen is tevens gunstig, waarbij troebel water nog een extra gunstig effect kan hebben omdat het licht absorbeert. Overigens is de paling gebaat bij een nog lagere lichtsterkte dan de kweker (die moet zien wat hij doet). In het continu stromende water kunnen de palingen uitrusten op zogenaamde rustnetten. De kwekers houden de zuurgraad van het water (pH) in de gaten en er is weinig sprake van ziektes in de kwekerijen.

Zeer nadelig voor de dieren zijn de selecties die ze ondergaan om verschillen in lichaamsgrootte te voorkomen. Het uit zich in een grote onrust onder de dieren. De paling in een kweekbassin kan zich niet ingraven in de modder, zoals in de natuur wel gebeurt. Er is sprake van kannibalisme. Palingen vertonen gestoorde agressie, hun vechtgedrag is gestoord. Een goede hiėrarchie kan daardoor amper ontstaan.

Onduidelijk is of een groot aantal soortgenoten, dicht op de huid, voor een paling onprettig is.